Trotz seines Abschlusses der Rechtswissenschaften galt sein Interesse schon immer der Wirtschaft. 1944 trat er daher als Ökonom in die erste Division der Steuerpolitik ein und arbeitete im Finanzministerium der USA. Aufgrund seiner Kenntnisse wechselte er 1947 zur amerikanischen Zentralbank und war dort im Wirtschaftsrat tätig. Im Jahr 1949 entschied sich Miller dann zur Rückkehr an die Universitäten und dozierte ab 1953 an der Carnegie-Mellon Universität. Sie war die erste und auch einflussreichste Universität, die sich vor allem der Wirtschaftsforschung widmete.

An dieser Universität lernte er auch Franco Modigliani kennen, mit dem er zusammen im Jahr 1958 die als „Modigliani - Miller - Theorem zur Unternehmensfinanzierung“ entwickelte. Ihre Theorien befassten sich hierbei vor allem mit grundlegenden Beiträgen zur den Unternehmensfinanzen. Die wesentliche Behauptung der These von Merton Miller und Modigliani besagt, dass der Verschuldungsgrad eines Unternehmens für den Marktwert nicht relevant sei. Als Grundlage dienen hierbei aber verschiedene restriktive Annahmen, beispielsweise, dass Fremdkapital in jedem Fall vom Schuldner zurückgezahlt werden würde. Diese Voraussetzungen sind jedoch in einer funktionierenden Wirtschaft nicht gegeben.

Nach seinen Ausführungen wurde Merton H. Miller 1961 Professor für Bankwesen und Finanzen und arbeitete an der renommierten Universität von Chicago. Seine Arbeit konzentrierte sich auch hier vor allem auf die Forschung, und zwar auf die rechtlichen wie wirtschaftlichen Probleme der Finanzdienstleister.

In den darauf folgenden Jahren entwickelte er zusammen mit Harry Markowitz und William Forsyth Sharpe eine Preisbildungstheorie für den Kapitalmarkt. Für die moderne Portfoliotheorie erhielt er im Jahr 1990, mit 67 Jahren, den Nobelpreis für Wirtschaftswissenschaften.

Merton Howard Miller verstarb schließlich am 3. Juni als einer der bedeutendsten Ökonomen unserer Zeit mit 77 Jahren in Chicago, Illinois.

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